Traditionellt sett liknar helpdeskar callcenter eftersom de erbjuder kunderna ett sätt att begära support eller söka hjälp med ett problem. Men på vissa punkter skiljer sig callcenter från helpdeskar. Först och främst är de vanligtvis mindre tekniska och hanterar övergripande förfrågningar av kundtjänsttyp, som produktfrågor, behandling av returer och försäljningshjälp. För det andra är kunder som använder callcenter begränsade till att ha kontakt med agenter enbart via telefonsupport.
Helpdeskar erbjuder däremot mer teknisk eller IT-relaterad support och hjälper till med saker som att återställa lösenord, beställa eller konfigurera ny datorhårdvara, felsöka teknik eller reagera på omfattande nätverksproblem. Beroende på vilken kommunikationsplattform och helpdeskprogramvara som ett företag väljer kan kunder begära support via flera olika kanaler (telefon, webbchatt, sms eller e-post) och är inte begränsade till röstsamtal som i ett callcenter.
Både helpdeskar och callcenter medför ett enormt värde i en organisation eftersom de kan utgöra den första kontaktpunkten mellan ett företag och dess kunder och vara avgörande för om kundupplevelsen blir positiv eller negativ.